PCR atau Polymerase Chain Reaction adalah suatu teknik PCR yang dipakai untuk meniru jumlah molekul DNA pada sasaran tertentu dengan cara mensintesis molekul DNA gres yang perhiasan dengan DNA sasaran tersebut melalui sumbangan enzim dan oligonukleotida sebagai primer dalam suatu alat yang disebut thermocycler (Muladno, 2010). Metode ini sangat efisien dan spesifik di gunakan dalam pendeteksian suatu organisme maupun gen.
Reaksi PCR membutuhkan materi utama antara lain DNA template, DNA polymerase, primer, deoksinukleosida trifosfat (dNTPs), serta larutan buffer (Yusuf, 2010; Muladno, 2010; Sulistyaningsih, 2007). Prinsip dasar metode PCR ada 3 yaitu denaturasi (pemutusan untai ganda DNA menjadi untai tunggal), annealing (penempelan primer pada kawasan target), dan elongasi (proses pemanjangan rantai DNA target). Metode PCR pertama kali di kembangkan oleh seorang peneliti CETUS Cororation Karry Mullis pada tahun 1985.
 |
| Proses PCR |
Metode PCR bersifat sensitif dan efisien dalam penggandaan DNA maupun deteksi suatu organisme. Selain itu kelebihan dari metode ini ialah rekasi PCR sanggup dilakukan dilakukan memakai komponen dalam jumlah sedikit, contohnya DNA template yang di perlukan hanya sekitar 5 μg, oligonukleotida 1 mM, dan volume total reaksi PCR sanggup dilakukan dalam volume 12.5 – 100 μl. Metode tersebut terus berkembang dengan seiring berjalannya waktu, hal tersebut dibuktikan dengan munculnya banyak sekali macam jenis PCR turunan dari PCR reguler. Terdapat banyak sekali macam jenis PCR mulai dari Nested PCR, Real-time PCR dan salah satu yang paling umum di gunakan yaitu Multiplex PCR
Multiplex PCR ialah penyesuaian dari teknik PCR yang memungkinkan amplifikasi secara simultan dari banyak sekali sekuen gen. Multiplex PCR berisi banyak sekali macam set primer dengan adonan reagen PCR tunggal untuk memproduksi amplikon dari banyak sekali ukuran yang spesifik terhadap sekuens DNA yang berbeda. Dengan pentargetan gen sekaligus, warta tambahan sanggup diperoleh dari running-test tunggal yang tidak akan membutuhkan beberapa kali reagen dan lebih banyak waktu untuk melakukan. Temperatur pada tahapan annealing harus dioptimasi untuk tiap set primer biar sanggup bekerja dengan baik dalam suatu reaksi tunggal, serta ukuran amplikon. Dengan demikian, panjang suatu pasangan basa harus berbeda dan sanggup membentuk pita yang berbeda dikala diamati dengan elektroforesis gel agarosa.
 |
| Ilustrasi metode Multiplex PCR (labce.com) |
Multiplex PCR pertama kali di gunakan pada tahun 1988 untuk mendeteksi delesi pada gen dystrophin (Chamberlain, et. al., 1988). Pada tahun 2008 multiplex dipakai untuk menganalisis mikrosatelit dan SNPs (Hayden, et. al., 2008). Multiplex PCR umumnya dipakai untuk diagnosis penyakit atau patogen berbeda dalam suatu sampel yang sama. Berikut ini aplikasi metode multiplex PCR diantaranya sanggup dipakai untuk identifikasi patogen, deteksi GMOs (Genetically Modified Organisms), analisis polimorfisme, analisis mutasi, analisis delesi gen, deteksi RNA, peneltian mengenai forensik dan lain sebagainya. Pada dasarnya, mekanisme dan komponen dalam reaksi multiplex PCR sama dengan PCR reguler.
Penulis: Khoirun Nihayati
Referensi:
- Chamberlain, J. S., Gibbs, R. A., Ranier, J. E., Nguyen, P. N., dan Caskey, C. T. 1988. Deletion Screening of the Duchenne Muscular Dystrophy Locus Via Multiplex DNA Amplification. Nucleid Acid Research. 16(23): 11141-11156.
- Hayden, M. J., Nguyen, T. M., Waterman, A., dan Chalmers, K. J. 2008. Multiplex-ready PCR: A New Methode for Multiplexed SSR and SNP Genotyping. BMC Genomics. 9: 80.
- Muladno. 2010. Teknologi Rekayasa Genetika. Edisi Ke-2. Penerbit IPB Press. Bogor.
- Sulistyaningsih, E. 2007. Polymerase Chain Reaction (PCR): Era Baru Diagnosis dan Managemen Penyakit Infeksi. Biomedis. 1(2)
- Yusuf, Zuhriana. 2010. PCR. Makalah. FIKK, Universitas Negeri Gorontalo, Gorontalo.
