Dalam perkembangan ilmu biologi molekular, database yaitu kumpulan data yang terkomputerisasi dan saling terkait satu sama lainnya. Database diperuntukkan sebagai penyimpan dan pengambil info melalui proses pencarian. Untuk mempermudah penyimpanan dan pengaksesan dari seluruh penjuru dunia, maka digunakanlah world wide web.
Data dari para ilmuwan dengan banyak sekali bidang biologi molekular menyerupai data genomik, proteomik, metabolomik, microarray, dan filogenetik disimpan dalam databese tertentu. Database yang disimpan berupa DNA, RNA, dan protein dengan tujuan untuk menyebarkan keperluan menyerupai analisis filogenetik molekular dan kajian bioinformatika.
Tujuan didirikannya database yaitu untuk transaksi data dan sekaligus sebagai knowledge discovery, yakni mencari hubungan antara info satu dengan yang lainnya yang belum diketahui pada dikala info tersebut disimpan.
Pusat penyimpanan database biologi molekular terdiri dari database primer, database sekunder, dan database spesifik. Data tersebut tersimpan dalam pangkalan penyimpan data dalam jumlah yang sangat besar. Hal ini diharapkan teknologi info untuk mengolah pesatnya data tersebut.
Data mining (penggalian data) yaitu teknik untuk menggali info dari data dengan skala besar. Dalam kajian bioinformatika, data mining dipakai untuk analisa data menyerupai sekuens DNA, urutan asam amino, dan verbal gen.
Berikut yaitu pangakalan database biologi molekular yang ada di dunia:
GenBank
Web: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank
Keterangan: Pusat database sekuens
European Molecular Biology Laboratory (EMBL)
Web: www.ebi.ac.uk/embl/
Keterangan: Pusat database sekuens
DNA databank of Japan (DDBJ)
wb: www.ddbj.nig.ac.jp
Keterangan: Pusat database sekuens
RefSeq
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/
Sekuens nonredundan dari GenBank
Alternative splicing and transcript diversity database (ASTD)
Web: www.h-invitational.jp/h-dbas
Keterangan: cDNA Manusia yang sudah di-splicing
RepBase
Web: http://www.girinst.org/server/RepBase
Keterangan: Sekuens repetisi pada eukariotik
STRBase
Web: www.cstl.nist.gov/biotech/strbase/
Keterangan: Sekuens tandem yang pendek
TIGR plant repeat database
Web: www.tigr.org/tdb/e2k1/plant.repeats
Keterangan: Sekuens repetisi pada tanaman
ACLAME
Web: aclame.ulb.ac.be
Keterangan: Elemen genetik mobile pada prokarotik
ISfinder
Web: http://www-is.biotoul.fr
Keterangan: Sekuens insersi dari eubakteri dan archaea
MICdb
Web: http://www.cdfd.org.in/mica
Keterangan: Mikrosatelit pada prokariota
TRANSFAC
Web: http://www.generegulation.com/
Keterangan: Transcription factor binding sites
PlantCARE
Web: http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html
Keterangan: Elemen regulasi pada tanaman
RegulonDB
Web: http://www.cifn.unam.mx/Computational_Genomics/regulondb
Keterangan: Gen regulasi pada E. coli
Rfam
Web: www.sanger.ac.uk/Software/Rfam
Keterangan: Struktur ncRNA dan elemen regulator
NONCODE
Web: www.noncode.org
Keterangan: ncRNA dari semua spesies
RNAdb
Web: research.imb.uq.edu.au/rnadb
Keterangan: ncRNA pada mamalia
fRNAdb
Web: www.ncrna.org
Keterangan: Meta-database ncRNA
UTRdb/UTRsite
Web: www.ba.itb.cnr.it/UTR
Keterangan: Eleman pada UTR (untranslated regions)
PolyA_DB
Web: polya.umdnj.edu
Keterangan: Polyadenylation
IRESdb
Web: www.rangueil.inserm.fr/IRESdatabase
Keterangan: Ribosom internal
dbRES
Web: bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/dbRES
Keterangan: Editing RNA
European Ribosomal Database
Web: bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/rRNA
Keterangan: Subunit besar dan kecil rRNA
Ribosomal Database Project
Web: rdp.cme.msu.edu
Keterangan: Subunit besar dan kecil rRNA
5S ribosomal RNA database
Web: www.man.poznan.pl/5SData
Keterangan: 5S rRNA
Sprinzl’s tRNA compilation
Web: www.tRNA.uni-bayreuth.de
Keterangan: tRNA
SRPDB
Web: rnp.uthct.edu/rnp/SRPDB/SRPDB.html
Keterangan: Signal recognition particle RNA
tmRDB
Web: rnp.uthct.edu/rnp/tmRDB/tmRDB.html
Keterangan: mRNA / tRNA
Group I intron sequence and structure Database (GISSD)
Web: http://www.rna.whu.edu.cn/gissd/
Keterangan: Group I self-splicing introns
Group II intron Database
Web: www.fp.ucalgary.ca/group2introns
Keterangan: Group II self-splicing introns
mirBase
Web: microrna.sanger.ac.uk
Keterangan: Sekuens miRNA
Flybase
Web: http://flybase.org/
Keterangan: Informasi gen Drosophila
Uniprot
Web: http://uniprot.org/
Keterangan: Database protein
Ensembl
Web: http://ensembl.org
Keterangan: Genom dan produk gen eukariotik
PhosphoSitePlus
Web: http://phosphosite.org/
Keterangan: Modifikasi pasca-translasi sekuens protein
Penulis:
Mh Badrut Tamam, M. Sc.
email: mh.badruttamam@generasibiologi.com
GenBank
Web: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank
Keterangan: Pusat database sekuens
European Molecular Biology Laboratory (EMBL)
Web: www.ebi.ac.uk/embl/
Keterangan: Pusat database sekuens
DNA databank of Japan (DDBJ)
wb: www.ddbj.nig.ac.jp
Keterangan: Pusat database sekuens
RefSeq
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/
Sekuens nonredundan dari GenBank
Alternative splicing and transcript diversity database (ASTD)
Web: www.h-invitational.jp/h-dbas
Keterangan: cDNA Manusia yang sudah di-splicing
RepBase
Web: http://www.girinst.org/server/RepBase
Keterangan: Sekuens repetisi pada eukariotik
STRBase
Web: www.cstl.nist.gov/biotech/strbase/
Keterangan: Sekuens tandem yang pendek
TIGR plant repeat database
Web: www.tigr.org/tdb/e2k1/plant.repeats
Keterangan: Sekuens repetisi pada tanaman
ACLAME
Web: aclame.ulb.ac.be
Keterangan: Elemen genetik mobile pada prokarotik
ISfinder
Web: http://www-is.biotoul.fr
Keterangan: Sekuens insersi dari eubakteri dan archaea
MICdb
Web: http://www.cdfd.org.in/mica
Keterangan: Mikrosatelit pada prokariota
TRANSFAC
Web: http://www.generegulation.com/
Keterangan: Transcription factor binding sites
PlantCARE
Web: http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html
Keterangan: Elemen regulasi pada tanaman
RegulonDB
Web: http://www.cifn.unam.mx/Computational_Genomics/regulondb
Keterangan: Gen regulasi pada E. coli
Rfam
Web: www.sanger.ac.uk/Software/Rfam
Keterangan: Struktur ncRNA dan elemen regulator
NONCODE
Web: www.noncode.org
Keterangan: ncRNA dari semua spesies
RNAdb
Web: research.imb.uq.edu.au/rnadb
Keterangan: ncRNA pada mamalia
fRNAdb
Web: www.ncrna.org
Keterangan: Meta-database ncRNA
UTRdb/UTRsite
Web: www.ba.itb.cnr.it/UTR
Keterangan: Eleman pada UTR (untranslated regions)
PolyA_DB
Web: polya.umdnj.edu
Keterangan: Polyadenylation
IRESdb
Web: www.rangueil.inserm.fr/IRESdatabase
Keterangan: Ribosom internal
dbRES
Web: bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/dbRES
Keterangan: Editing RNA
European Ribosomal Database
Web: bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/rRNA
Keterangan: Subunit besar dan kecil rRNA
Ribosomal Database Project
Web: rdp.cme.msu.edu
Keterangan: Subunit besar dan kecil rRNA
5S ribosomal RNA database
Web: www.man.poznan.pl/5SData
Keterangan: 5S rRNA
Sprinzl’s tRNA compilation
Web: www.tRNA.uni-bayreuth.de
Keterangan: tRNA
SRPDB
Web: rnp.uthct.edu/rnp/SRPDB/SRPDB.html
Keterangan: Signal recognition particle RNA
tmRDB
Web: rnp.uthct.edu/rnp/tmRDB/tmRDB.html
Keterangan: mRNA / tRNA
Group I intron sequence and structure Database (GISSD)
Web: http://www.rna.whu.edu.cn/gissd/
Keterangan: Group I self-splicing introns
Group II intron Database
Web: www.fp.ucalgary.ca/group2introns
Keterangan: Group II self-splicing introns
mirBase
Web: microrna.sanger.ac.uk
Keterangan: Sekuens miRNA
Flybase
Web: http://flybase.org/
Keterangan: Informasi gen Drosophila
Uniprot
Web: http://uniprot.org/
Keterangan: Database protein
Ensembl
Web: http://ensembl.org
Keterangan: Genom dan produk gen eukariotik
PhosphoSitePlus
Web: http://phosphosite.org/
Keterangan: Modifikasi pasca-translasi sekuens protein
Penulis:
Mh Badrut Tamam, M. Sc.
email: mh.badruttamam@generasibiologi.com
