Dalam penelitian ekologi perairan, maka diharapkan teknik dan metode khusus untuk mengumpulkan sampel biota yang akan dikumpulkan. Berikut yaitu teknik yang sering dipakai untuk mengumpulkan sampel biota perairan.
A. Teknik Pengumpulan Sampel Plankton
1. Pengumpulan Sampel Plankton dengan Botol
Sampel air diambil dengan memakai alat Kemmerer Water Sampler atau Van Dorn Water Sampler sebanyak 6 liter untuk perairan oligotropik dan 1 liter untuk perairan eutropik. Alat tersebut dimasukkan pada kedalaman yang akan diamati. Air sampel tersebut kemudian disaring dengan jala plankton.
2. Pengumpulan Sampel Plankton dengan Jala
Teknik pengumpulan plankton memakai jala plankton ada 2 macam. Teknik pertama yaitu pengumpulan plankton pada volume air yang sudah diketahui (sampel air di dalam botol). Sampel air dituang ke dalam jala plankton yang setengah tercelup di dalam air. Sampel air dihentikan menyentuh dinding jala plankton ketika proses penuangan.
Teknik kedua yaitu pengumpulan plankton secara horizontal atau pun vertikal. Jala plankton ditarik secara horizontal atau pun secara vertikal pada kecepatan yang konstan (10 cm/detik). Jala plankton kemudian dibilas sehingga plankton masuk ke dalam botol penampung. Pembilasan dilakukan dengan cara mencelupkan secara vertikal jala plankton berkali-kali di permukaan air. Pencelupan diusahakan tidak lebih dari ekspresi jala plankton.
3. Pengumpulan Sampel Plankton dengan Pompa
Air di kedalaman tertentu diambil dengan pompa melalui pipa. Ujung pipa diberi pemberat sehingga pipa selalu dalam keadaan vertikal. Garis tengah pipa diadaptasi dengan daya hisap pompa. Air keluaran disaring oleh jala plankton. Jala plankton tersebut dalam kondisi terendam air sehingga plankton tidak rusak.
4. Pengumpulan Sampel Plankton dengan Continous Plankton Recorder
Continous Plankton Recorder (CPR) merupakan alat pengumpul plankton yang ditarik oleh kapal. Alat tersebut mempunyai 2 jala plankton yang sanggup digulung. Jala plankton yang sudah menampung sampel plankton akan digulung dan dimasukkan ke dalam tangki. Tangki tersebut berisi formalin sehingga plankton terawetkan.
B. Teknik Pengumpulan Sampel Bentos
Pengumpulan sampel bentos memakai beberapa cara. Cara pertama yaitu memakai alat Grab Sampler (Eickman Grab, Petersen Grab, dan Smith MacIntyre Grab). Alat tersebut dipakai pada kedalaman bentos yang sulit terjangkau. Alat tersebut menyerupai alat pengeruk pengeruk lumpur.
Cara kedua yaitu memakai alat Surber Square Foot Sampler yang menyerupai jala. Alat tersebut dipakai di perairan lotik yang dangkal. Alat tersebut dimasukkan ke dalam air hingga menyentuh dasar perairan. Mulut alat tersebut menghadap ke arah hulu. Substrat perairan yang berada di ekspresi alat tersebut, diaduk selama beberapa saat. Alat tersebut diangkat kalau substrat sudah masuk ke dalam. Substrat sampel diambil dan dimasukkan ke dalam plastik sampel.
Cara ketiga dilakukan di perairan lentik. Cara tersebut memakai bingkai kuadrat. Bingkai tersebut dimasukkan ke dalam air hingga ke dasar perairan. Substrat yang berada di dalam bingkai tersebut, diambil dengan tangan dan dimasukkan ke dalam plastik sampel.
Sampel substrat yang sudah diperoleh kemudian disaring dengan saringan Sieve Net. Saringan tersebut berfungsi untuk memisahkan biota bentik dengan partikel substrat. Hasil saringan kemudian dicacah dengan pinset. Identifikasi biota sanggup memakai lup dan mikroskop.
C. Teknik Pengumpulan Sampel Nekton
Pengumpulan sampel nekton sanggup memakai aneka macam macam alat dan cara. Cara pertama yaitu memancing dengan kail. Peneliti harus menunggu biota nekton terkait pada mata kail. Cara kedua yaitu menjaring dengan jala. Peneliti tidak harus menunggu tetapi membutuhkan keterampilan untuk sanggup menangkap biota nekton. Cara ketiga yaitu menciptakan perangkap. Alat yang dipakai sebagai perangkap yaitu bubu. Mulut bubu dipasang ke arah hulu kalau di perairan lotik.
D. Teknik Pengumpulan Sampel Neuston dan Pleuston
Pengumpulan sampel neuston sanggup memakai saringan. Peneliti menyaring biota neuston dan pleuston permukaan air. Sampel tersebut dimasukkan ke dalam plastik sampel kemudian diteteskan formalin atau alkohol.
E. Teknik Pengumpulan Sampel Perifiton
Pengumpulan sampel perifiton sanggup dilakukan dengan alat atau pun tidak. Pengumpulan sampel perifiton dilakukan pada benda-benda yang sudah usang terendam air. Kaca objek atau pun pelat kuadrat sanggup dimasukkan ke dalam air dan didiamkan selama rentang waktu tertentu. Kayu, batu, atau pun bab tanaman yang terendam air, sanggup diambil untuk melihat biota perifiton yang ada.
