Obat-obatan mempunyai imbas terhadap cacat lahir dikarenakan obat-obatan yang dipakai melebihi takaran sehingga obat-obatan sifatnya menjadi toksis yang berdampak negatif pada perkembangan embrio. Efek samping obat terhadap cacat lahir tergantung pada takaran dan jenis obat yang digunakan. Pada umumnya obat-obatan sanggup menjadikan cacat alasannya menghipnotis proses pembelahan sel, diferensiasi, dan pertumbuhan embrio.
Beberapa obat-obatan yang berpotensi sebagai teratogen yang sanggup mengakibatkan cacat lahir menyerupai alkohol, isotretinoin (bisanya dipakai untuk mengobati jerawat), antikonsulvan, litium, beberapa antibiotik (seperti streptomisin, kanamisin, dan tetrasiklin), thalidomide, warfarin, dan penghambat enzim angiotensin-converting (ACE).
Penggunakan obat-obatan yang sanggup menghambat kerja asam folat menyerupai methotrexate immunosuppressant atau antibiotik trimethoprim juga sanggup mengakibatkan cacat lahir. Hal ini dikarenakan kekurangan asam folat sanggup meningkatkan resiko mempunyai bayi cacat. Penggunakan kokain juga sanggup mengakibatkan cacat lahir, pelepasan plasenta secara prematur (placental abruption), dan kelahiran prematur. Adapun referensi obat serta cacat yang ditimbulkan tertera pada tabel berikut:
Baca juga: Teratologi: Ilmu Penyebab Cacat Janin
| No | Jenis Obat | Mekanisme Teratogen | Cacat yang ditimbulkan |
| 1 | Siklofospamide | Sebagai biro alkilasi yang menghambat sintesis DNA | Adanya apoptosis pada embrio yang mengakibatkan malformasi pada anggota tubuh |
| 2 | Celexa | Menyebabkan hipertensi yang besar lengan berkuasa terhadap paru-paru janin | - Cacat pada sekat atrium - Cacat pada sekat ventrikel - Anomali pada katup trikuspid jantung - Cacat pada katup jantung - Spina bifida - autis |
| 3 | Depakote | Kerusakan sistem saraf | - celah palatum - cacat tulang - retardasi pertumbuhan - kematian janin |
| 4 | Antidepresan | Penghambat oksidasi | - kelainan wajah - kelainan ektremitas |
| 5 | Aspirin | Menghambat sistesis mukopolisakarida, RNA, dan jaringan ikat | - prematur - hemoragi - kematian janin |
| 6 | Hidantoin, karbamazepin, asam valproat dan fenobarbital | mengganggu peresapan fola | - bibir sumbing - cacat jantung - cacat tabung saraf - celah palatum |
| 7 | Valium | | - sumbing - celah palatum |
| 8 | Paxil | | - malformasi jantung - malformasi gastrointestinal - malformasi perit - bibir sumbing - cacat kranium |
| 9 | Topamax | | - bibir sumbing - celah palatum |
