Metode Dan Teknik Isolasi Mikroba


isolasi mikroba rhizosfer dan penghitungan mikroorganisme Metode dan Teknik Isolasi Mikroba


Manusia hidup tak pernah lepas dari interaksinya dengan makhluk hidup lain, khususnya mikroorganisme. Setiap jenis mikroorganisme, baik kapang, khamir, maupun bakteri, selalu bekerjasama dengan kehidupan insan sehari-hari. Mengingat hal tersebut, diharapkan pengetahuan mengenai sifat dan jenis mikroorganisme yang ada. Untuk mempermudah dalam mempelajari sifat dan jenis suatu mikroorganisme, harus diperoleh sebuah biakan murni atau pure culture dari mikroorganisme tersebut. Biakan murni atau pure culture ialah kultur yang mengandung hanya sebuah spesies tunggal dari organisme.  Biakan murni sanggup diperoleh dengan cara melaksanakan isolasi mikroorganisme (Black, 2008). Isolasi mikroorganisme ialah suatu cara untuk memisahkan mikroorganisme dari lingkungannya sehingga diperoleh biakan yang tidak tercampur dengan jenis yang lain (Gandjar dkk., 1992).

Ada beberapa hal yang perlu diperhatikan dalam melaksanakan isolasi mikrooganisme sehingga biakan murni terbebas dari kontaminan.  Kontaminan ialah organisme yang tidak diinginkan ada bersama biakan murni (Madigan dkk., 2011. Hal-hal yang perlu diperhatikan dalam isolasi mikroorganisme tersebut contohnya mekanisme teknik aseptik, jenis medium yang digunakan, teknik isolasi, teknik pemilihan sumber biakan (koloni), dan penyimpanan pasca isolasi mikroorganisme (Harley & Prescott, 2002; Madigan dkk., 2011).

Sementara itu, jenis medium yang cocok digunakan untuk memperoleh biakan murni ialah medium padat, khususnya medium padat dalam cawan petri. Medium padat sanggup menghentikan pergerakan sel-sel, kemudian mengizinkan sel-sel mikroba untuk tumbuh dan membentuk massa yang tampak sebagai sebuah entitas tersendiri yang disebut koloni (Madigan dkk, 2011). Koloni merepresentasikan perbanyakan dari sebuah organisme tunggal (Cappucino & Sherman, 2002:).

Teknik Isolasi Mikroorganisme
Teknik isolasi untuk memperoleh biakan murni ada beberapa cara tergantung substratnya. Isolasi mikroba dari substrat cair sanggup memakai cara sebar (spread method) dan cara tuang (pour-plate method).  Isolasi mikroba dari substrat padat sanggup memakai cara tabur (spread method) dan cara suspensi (Gambar 1). Hal yang perlu diperhatikan pula ialah dalam menentukan sumber biakan, mirip menentukan koloni yang representatif untuk diambil menjadi biakan murni.  Koloni yang berada di penggalan tengah dari sampel biasanya kurang terkotori dibandingkan koloni yang berada di penggalan pinggir (Harley & Prescott, 2002). Selain itu, koloni yang dipilih ialah yang benar-benar telah terpisah dengan koloni lain  (Madigan dkk., 2011). Setelah melaksanakan isolasi, diharapkan upaya untuk menjaga semoga biakan tersebut tetap baik, contohnya dengan disimpan di pendingin atau alat pengering (Harley & Prescott, 2002:).

isolasi mikroba rhizosfer dan penghitungan mikroorganisme Metode dan Teknik Isolasi Mikroba
Gambar 1. Metode memperoleh biakan murni.


Biakan murni sanggup berupa basil atau jamur. Bakteri merupakan organisme uniseluler, relatif berbentuk sederhana, tidak mempunyai membran inti (prokariot), dan komponen utama penyusun dinding selnya ialah peptidoglikan.  Sementara itu, jamur ialah organisme yang telah mempunyai membran inti, merupakan organisme uniseluler atau multiseluler, dan komponen utama penyusun dinding sel umumnya ialah kitin (Tortora dkk., 2010).

Jamur sanggup dibedakan menjadi bentuk khamir, kapang, dan cendawan. Jamur dalam bentuk uniseluler disebut khamir, merupakan bentuk mikroorganisme berbentuk oval dan ukurannya lebih besar dari bakteri.  Kapang merupakan bentuk jamur yang terlihat mirip serabut-serabut benang yang disebut miselia.  Miselia terdiri dari filamen-filamen (hifa) panjang yang bercabang dan saling menjalin.  Cendawan ialah jamur multiseluler besar yang bentuknya ibarat flora (Tortora dkk., 2010).

Mikroorganisme hidup menempati habitat yang sangat beragam. Habitat atau substrat merupakan lingkungan atau daerah tinggal suatu komunitas mikroorganisme di dalam suatu ekosistem (Madigan dkk., 2011). Mikroorganisme sanggup tumbuh dan bertempat tinggal bahu-membahu di samudera, danau, tanah, jaringan yang hidup dan jaringan yang mati (Black, 2008). Selain itu, ada juga mikroorganisme yang sanggup hidup di habitat yang ekstrem, mirip hidup di kondisi suhu dan salinitas yang sangat tinggi (Tortora dkk., 2010).  Jika dilihat dari bentuk substratnya, mikroorganisme sanggup ditemukan pada substrat yang padat dan yang cair.  Untuk memudahkan dalam mempelajarinya, diharapkan suatu cara untuk memisahkan mikroorganisme dari substrat atau habitatnya yang disebut isolasi mikroorganisme. Ada beberapa metode yang sanggup digunakan untuk mengisolasi mikroorganisme menurut substratnya (Gandjar dkk., 1992).

isolasi mikroba rhizosfer dan penghitungan mikroorganisme Metode dan Teknik Isolasi Mikroba
Gambar 2. Isolasi mikroba dari substrat cair dengan metode suspensi.

Jika akan melaksanakan isolasi mikroorganisme dari substrat cair sanggup dilakukan dengan metode sebar dan metode tuang (Gambar 2). Metode sebar dilakukan dengan cara mengambil sejumlah kecil cairan yang mengandung adonan mikroba dan meletakannya di medium padat, kemudian cairan diratakan pada permukaan medium dengan memakai spatel bentuk L atau spatel drygalski. Metode tuang dilakukan dengan cara mecairkan medium dan memasukkan beberapa ose materi cair yang akan diperiksa ke dalam medium yang telah dicairkan tadi, kemudian medium yang sudah diinokulasi di tuang ke cawan petri yang steril dan digoyang-goyang hingga merata. Setelah terbentuk koloni, biakan murni sanggup dibentuk dengan cara mengambil beberapa ose dari koloni tersebut dan dipindahkan ke medium steril yang lain (Gandjar dkk., 1992; Harley & Prescott, 2002).

Metode untuk isolasi mikroorganisme dari substrat padat sanggup dilakukan dengan cara tabur dan suspensi.  Metode tabur dilakukan dengan cara menaburkan serbuk padat yang akan diperiksa di atas permukaan medium dalam cawan petri, kemudian diratakan dengan memakai spatel drygalski. Metode suspensi dilakukan dengan cara meyuspensikan materi padat pada akuades dan diambil beberapa ose dari suspensi tadi untuk dimasukkan ke medium yang telah dicairkan, kemudian medium dituang ke dalam cawan petri steril dan dibiarkan hingga mengeras. Setelah terbentuk koloni, biakan murni sanggup dibentuk dengan cara mengambil beberapa ose dari koloni yang representatif dan dipindahkan ke medium steril yang lain (Gandjar dkk., 1992). 

Untuk sanggup memindahkan suatu biakan atau beberapa ose koloni ke dalam medium steril yang lain, diharapkan suatu teknik transfer biakan.  Ada dua cara metode pemindahan biakan, yaitu metode zig-zag (streak) dan metode penempatan pada sebuah titik atau tanam (stab). Metode zig-zag biasa digunakan untuk memindahkan biakan khamir dan bakteri. Cara memindahkannya yaitu dengan menggoreskan ujung jarum loop yang telah mengandung khamir/bakteri secara zig-zag di atas permukaan medium miring mulai dari ujung penggalan bawah hingga penggalan atas. Metode stab digunakan untuk memindahkan biakan kapang.  Biakan kapang diambil sedikit dengan memakai jarum needle atau jarum tanam tajam, kemudian jarum diletakkan di atas permukaan medium miring kira-kira pada jarak 1/3 dari panjang permukaan medium (Gandjar dkk., 1992).

isolasi mikroba rhizosfer dan penghitungan mikroorganisme Metode dan Teknik Isolasi Mikroba
Gambar 3. Transfer biakan (a-c) metode stab; (d) metode streak.
Credit: Harley & Prescott, 2002


Teknik Kerja Aseptik
Teknik aseptik merupakan suatu mekanisme yang dilakukan untuk mencegah atau mengurangi terjadinya kontaminasi (Harley & Prescott, 2002).  Salah satu teknik aseptik yang dilakukan ialah dengan melaksanakan pekerjaan selalu bersahabat dengan api. Ketika sedang melaksanakan pembukaan pada cawan petri atau tabung medium, diusahakan untuk selalu melewatkannya kepada  api pada penggalan dari benda yang dibuka, sehingga kontaminasi mikroba dari udara sanggup dihindari (Madigan dkk., 2011).

Desinfektan ialah suatu materi kimia, biasanya berbentuk larutan, yang mempunyai sifat bisa membunuh sel vegetatif mikroorganisme, tetapi tidak membunuh endospora.  Salah satu tumpuan desinfektan ialah hidrogen peroksida atau H2O2.  Hidrogen peroksida ialah salah satu desinfektan yang biasa digunakan untuk mensterilkan biji-bijian. Setelah disteril dengan materi tersebut, biji harus disteril dengan akuades steril (Gandjar dkk., 1992).

Hidrogen peroksida sanggup berperan sebagai antiseptik (3% dari larutan) dan sanitizer (Madigan dkk., 2011). Hidrogen peroksida sanggup berbahaya bagi mikroorganisme sebab agresi eksklusif dan tidak eksklusif dari oksigen.  Oksigen membentuk hidroksil radikal bebas (.OH), mirip radikal superoksida
yang sangat toksik dan reaktif bagi sel. Meskipun kebanyakan sel mikroba sanggup memproduksi enzim katalase untuk menginaktivasi metabolisme hidrogen peroksida, sel mikroba tetap tidak bisa menetralisir hidrogen peroksida yang masuk ke sel selama disinfeksi dan antisepsis dilakukan (Talaro & Talaro, 2002).

Referensi
  • Benson. 2001. Microbiological application lab manual, 8th ed. 
  • Black, J. G. 2008. Microbiology, 7th ed. 
  • Campbell, N. A. & J. B. Reece. 2009. Biology, 8th ed. 
  • Cappuccino, J. G. & N. Sherman. 2002. Microbiology: A laboratory manual. 
  • Collins, C. H. and; P. M. Lyne. 2004. Collins and Lyne's microbiological methods. 
  • Harley & Prescott. 2002. Laboratory exercises in microbiology, 5th ed. 
  • Morello, J. A., P. A. Granato & H. E. Mizer. 2003. Laboratory manual and  workbook in microbiology: Applications to patient care. 
  • Nester, E. W., D. G. Anderson, C. E. Roberts, N. N. Pearsall & M. T. Nester. 2004. Microbiology: A human perspective, 4th ed. 
  • Tortora, G. J., B. R. Funke & C. L. Case. 2010. Microbiology: An introduction, 10th.
  • Watt, B., J. G. Collee & R. Brown. 1976. Tests of performance of anaerobic jars.