Biologi Molekular

Manfaat Dan Metode Marka (Penanda) Molekuler

dunia kita
by dunia kita April 02, 2018

Dalam dunia biologi molekular terdapat istilah “marka molekuler” (molecular marker) atau sanggup juga diartikan penanda molekuler. Pembahasan molekular dalam biologi yang dimaksud yakni mengacu pada materi asam nukleat terutama DNA. Seperti yang kita ketahui, DNA mempunyai sekuens (baca:urutan) yang terdiri dari empat aksara yakni A, T, G, dan C yang mempunyai pola tertentu dalam urutannya. Pola-pola sekuens itulah yang nantinya akan menjadi suatu marka atau penanda dengan ciri khas dari suatu sekuens DNA (baca: nukleotida). Untuk lebih gampangya yakni pola marka jalan raya ada yang berupa garis putus-putus dan garis yang tidak putus-putus. Garis itu mempunyai ciri khas tersendiri bagi suatu jalan raya begitu pula dengan marka molekular pada sekuens DNA.  

Pengertian marka molekuler juga disebut marka fenotipik yakni sekuen DNA yang sanggup diidentifikasi dengan suatu metode tertentu yang terdapat pada lokasi tertentu dalam suatu genom serta sanggup diwariskan dari satu generasi ke generasi berikutnya. Kalau masih bingung, maka secara ringkas marka molekular yakni berupa urutan DNA. Dengan aneka macam metode identifikasi tertentu, maka urutan DNA itulah yang nantinya akan menjadi suatu ciri khas dari pola urutan DNA. 

Namun ada juga yang menyampaikan dengan lebih spesifik bahwa marka molekular yakni suatu metode yang bertujuan untuk menyampaikan keberadaan suatu urutan DNA pada suatu genom tertentu. Marka molekular pada umumnya berupa kawasan yang conserve alias kawasan yang perubahannya sangat sedikit atau tidak mengalami perubahan akhir aneka macam faktor menyerupai mutasi, insersi, dan seleksi alam. Karena marka molekular yakni urutan DNA yang bersifat conserve, maka kawasan tersebut juga diwariskan kepada keturunannya. Dengan adanya kawasan conserve inilah sanggup dilakukan aneka macam macam analisis untuk mengetahui karakter suatu DNA pada mahkluk hidup. 

Marka molekuler juga dikatakan  marka genetik atau penanda molekular yakni sekuens DNA yang sanggup diidentifikasi dalam suatu genom pada lokasi tertentu serta sanggup diwariskan dari satu generasi ke generasi berikutnya. Penanda molekular juga sanggup diekspresikan serta sanggup membentuk karakter fenotip sehingga sanggup dipakai untuk mengidentifikasi individu atau sel yang membawa warta genetik tersebut. Aplikasi dari penanda molekular sangat bermacam-macam sehingga pemilihan penanda molekular harus diubahsuaikan dengan organisme yang akan diteliti dan jenis DNA yang akan dianalisis sekuensnya. Penanda molekular sanggup dipakai untuk analisis genom DNA yang terdapat di nukleus, mitokondria, kloroplas, atau plasmid (Semagn et al., 2006).

Menurut Mondini et al. (2009), penggunaan penanda molekular mempunyai kelebihan yakni bersifat aplikatif sebab sanggup mendeteksi serpihan genom baik berupa intron, ekson, maupun kawasan regulasi yang lain; tidak dipengaruhi oleh imbas epistatis; bisa mendeteksi adanya polimorfisme; dan beberapa diantaranya bersifat ko-dominan yakni bisa mendeteski semua alel pada lokus tertentu.

Azrai (2005) menyebutkan bahwa pemanfaatan penanda molekular sebagai alat bantu seleksi Marker Assisted Selection (MAS) mempunyai banyak laba bila dibandingkan dengan memakai seleksi secara fenotipik yang merupakan produk kumulatif dari genotip dan lingkungan. Seleksi dengan cara memakai penanda molekular didasarkan pada sifat genetik saja yang tidak dipengaruhi oleh faktor lingkungan.

Untuk mendeteksi adanya marka molekular, berikut yakni beberapa metode atau teknik yang dipakai untuk mendeteksi keberadaan jenis marka molekuler berbasis PCR antara lain: 

  1. RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphisms)
  2. SSRs (Simple Sequence Repeats-SSRs)
  3. AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphisms)
  4. RAPD (Random Amplified Polymorphisms DNA) 
  5. STS (Sequence-Tagged Sites)
  6. SCAR (Sequence Characterized Amplified Regions)
  7. ISSR (Inter-Simple Sequence Repeat)
  8. ESTs (Expressed Sequence Tags)
  9. CAPs (Cleaved Amplified Polymorphic Sequences)
  10. dCAPS (Derived Cleaved Amplified Polymorphic Sequences)
  11. MPSS (Massively Parallel Signature Sequencing)
Adapun klarifikasi lengkap mengenai jenis penanda molekuler sanggup dibaca di goresan pena berikut: